Tại Đại hội toàn quốc năm 1993, Megawati Sukarnoputri đã được bầu làm Chủ tịch của Đảng Dân chủ Indonesia, một trong ba đảng chính trị được Tổng thống Suharto "Trật tự mới" chính phủ. Kết quả này đã không được chính phủ công nhận, tiếp tục thúc đẩy Budi Harjono, ứng cử viên ưa thích của nó cho chức chủ tịch, được bầu. Một Đại hội đặc biệt đã được tổ chức nơi chính phủ dự kiến ​​sẽ bầu Harjono, nhưng Megawati một lần nữa nổi lên với tư cách là lãnh đạo được bầu. Vị trí của bà đã được củng cố hơn nữa khi Quốc hội PDI phê chuẩn kết quả của đại hội.

Vào tháng 6 năm 1996, một Đại hội Quốc gia khác đã được tổ chức tại thành phố Medan, mà Megawati không được mời; thành viên chống Megawati đã tham dự. Với sự hậu thuẫn của chính phủ, Suryadi, một cựu chủ tịch đã được bầu lại làm Chủ tịch của PDI. Megawati từ chối thừa nhận kết quả của đại hội này và tiếp tục xem mình là người lãnh đạo đúng đắn của PDI.

Vào sáng ngày 27 tháng 7 năm 1996, Suryadi đe dọa sẽ lấy lại trụ sở của PDI tại Jakarta.[3] Những người ủng hộ Suryadi (được báo cáo với sự ủng hộ của Chính phủ) tấn công Trụ sở PDI và phải đối mặt với sự kháng cự từ những người ủng hộ Megawati đã đóng quân ở đó kể từ Đại hội Quốc gia ở Medan. Trong cuộc đụng độ sau đó, những người ủng hộ của Megawati đã cố gắng giữ vững trụ sở. Một cuộc bạo loạn xảy ra sau đó - ở giai đoạn đó được coi là điều tồi tệ nhất mà Jakarta đã thấy trong "Trật tự mới" - sau đó là một cuộc đàn áp của chính phủ. Chính phủ sau đó đổ lỗi cho các cuộc bạo loạn trên Đảng Dân chủ Nhân dân (PRD). Mặc dù bị Suryadi và chính phủ lật đổ với tư cách là chủ tịch, sự kiện này đã nâng cao hồ sơ của Megawati, mang lại cả sự đồng cảm và sự nổi tiếng của quốc gia.

PDI hiện được chia thành hai phe, Megawati và Suryadi. Trước đây đã muốn tham gia 1997 bầu cử lập pháp, nhưng chính phủ chỉ công nhận sau này. Trong các cuộc bầu cử, Megawati và những người ủng hộ của cô đã ném sự ủng hộ của họ đằng sau Đảng Phát triển Thống nhất và PDI chỉ giành được 3% số phiếu. Sau sự từ chức của Suharto và dỡ bỏ các giới hạn "Trật tự mới" đối với các đảng chính trị quốc gia, Megawati tuyên bố thành lập PDI-P, thêm hậu tố perjuangan ("đấu tranh") vào phân biệt phe nhóm của cô với phe được chính phủ ủng hộ. Bà được bầu làm chủ tịch của PDI-P và được đề cử làm tổng thống năm 1999.